La serie è ambientata nel primo decennio del XXI secolo. Il professor Haran Sozo, un grande scienziato terrestre trasferitosi su Marte, mette a punto un nuovo tipo di cyborg con volontà propria, chiamato Meganoide.
Poco dopo la loro nascita i robot sfuggono al controllo del loro creatore ed occupano Marte uccidendo il Dottor Haran, sua moglie e il loro figlio più grande Ded. I Meganoidi si preparano quindi a trasformare in schiavi-robot tutti gli abitanti della Terra per estendere il dominio del loro impero sull'intero universo.
Il figlio minore del dottor Haran, Banjo, aiutato dalla madre, riesce a fuggire da Marte a bordo di cinque razzi spaziali su cui viene caricato il Daitarn 3, un potente robot trasformabile costruito anch'esso da suo padre, oltre ad una immensa quantità di oro estratto dalle miniere del pianeta.
Giunto sulla Terra il ragazzo, aiutato dall'imperturbabile maggiordomo Garrison, si insedia in una splendida villa in riva al mare alla base della quale installa una base segreta da cui parte il possente robot trasformabile.
Iniziano così le avventure del nostro eroe che, spinto dal suo odio verso i meganoidi e suo padre (loro creatore) - a cui attribuisce la colpa della morte di sua madre e suo fratello - riuscirà a salvare gli abitanti della Terra dal loro terribile destino ed a sconfiggere per sempre il terribile Donzauker.