La storia principale di .hack narra le vicende accadute successivamente al blocco della rete da parte del virus Pluto's Kiss il 24 dicembre 2005. Dopo questa prima crisi il sistema operativo ALTIMIT è divenuto praticamente l'unico sistema utilizzato al mondo grazie alla sua stabilità. Successivamente però, attraverso la fruizione del MMORPG The World, diversi utenti sono caduti in uno stato di coma irreversibile per cause inspiegabili.