Quando Iori Kitahara parte per l'università, sceglie di trasferirsi nel negozio di immersioni dello zio a Izu, conosciuto come Grand Blue. Iori è ansioso di iniziare la sua vita da studente, circondato dal fragore delle onde, dal sole intenso e da suo cugino che vive con lui. Tuttavia, Iori incontra un gruppo di ragazzi duri con la passione per i giochi di strip sasso-carta-forbice e si unisce al club di immersione dell'università, Peek-a-Boo.