L'astronauta John Crichton dell'Agenzia Spaziale IASA effettua un volo spaziale di routine nel tentativo di dimostrare una teoria scientifica utilizzando l'atmosfera terrestre per lanciare il suo modulo spaziale, Farscape 1, ad una velocità elevatissima. Qualcosa tuttavia va storto e il suo modulo spaziale, colpito da un'improvvisa ondata di radiazioni, genera un tunnel spaziale in cui viene trascinato e trasportato in un punto lontanissimo e sconosciuto dell'universo, nel bel mezzo di una battaglia. Qui, dopo aver urtato accidentalmente un'altra navetta ed aver causato la morte del suo pilota, il protagonista viene salvato e portato a bordo di un'astronave vivente, Moya, che trasporta un gruppo di prigionieri alieni in fuga dai Pacificatori, una razza xenofoba che ha istituito una dittatura militare in questa zona della galassia.