Il diciassettenne Shinichi Kudo è un abilissimo investigatore che spera di ripercorrere le orme del celebre Sherlock Holmes. Collabora spesso con la polizia risolvendo casi all'apparenza perfetti fino a quando un giorno si scontra con una misteriosa organizzazione criminale. Viene infatti catturato mentre scopre uno scambio d'affari sospetto tra due uomini vestiti completamente di nero (questa la loro caratteristica distintiva): essendo un testimone scomodo l'Organizzazione tenta di ucciderlo con un veleno sperimentale che, invece di ucciderlo, lo ringiovanisce di 10 anni. Per fortuna comunque Shinichi riesce a scappare e a far perdere le sue tracce rifugiandosi dall'amico e professore Hiroshi Agasa: da quel momento Shinichi cambia nome e diventa per tutti Conan e va a vivere con Ran, già sua amica quando era ancora Shinichi, e suo padre Kogoro Mori, un detective non abilissimo, a cui Conan non rivela la sua vera identità. Da questo momento in poi Conan affiancherà Kogoro nelle varie indagini, riuscendo a risolvere tutti i casi e rendendo il padre di Ran uno dei più famosi detective del Giappone. Conan naturalmente, sotto le sembianze di un bambino di 7 anni, non può rivelare la sua identità quindi ogni volta addormenta Kogoro con un'invenzione del professor Agasa, un orologio che spara aghi soporiferi. Per poi imitare la voce di Kogoro (che agli occhi di tutti sembra cadere ogni volta in trance) Conan si serve di uno speciale papillon per riprodurre la voce del detective. Anche quest'ultima invenzione naturalmente è dell'amico e professore Agasa, che gli ha anche donato tra l'altro delle scarpe speciali in grado di dare calci fortissimi e particolari occhiali dotati di radar e microspia.