Itsuka Shido è uno studente delle superiori. L'ultimo giorno delle sue vacanze di primavera, un'esplosione devasta la sua città e una damigella in armatura appare davanti a lui. Kotori, che non è solo la seducente sorellastra di Shido ma anche il comandante dell'organizzazione militare Ratatosk, gli rivela che la damigella è in realtà uno spirito che sta alterando l'equilibrio dello spazio-tempo. L'unico modo per porre fine a questo disastro è che lei scopra finalmente l'amore. Un compito che Shido troverà difficile da portare a termine.