Cross Game è la storia di Kō Kitamura e delle quattro sorelle Tsukishima: Ichiyō, Wakaba, Aoba, e Momiji. La madre delle ragazze è scomparsa da qualche anno. La famiglia Tsukushima gestisce un Batting center e una caffetteria, mentre la famiglia Kitamura è proprietaria di un vicino negozio di articoli sportivi. Wakaba e Kō sono nati lo stesso giorno e nello stesso ospedale, e sono buoni amici sin dalla loro infanzia. Sembra un segno del destino, e in effetti Wakaba sogna un futuro insieme, provocando la gelosia della scontrosa Aoba, la sorella più giovane di un anno, che non sopporta Kō forse per il modo in cui le sta "portando" via l'amata sorella. Kō e Aoba hanno un grande talento per il baseball, ma, mentre il primo lo snobba e lo etichetta come noioso, la seconda lo ama alla follia. La vita sembra scorrere tranquilla, finché un evento imprevisto sconvolge le vite dei protagonisti. La storia riprenderà quattro anni dopo, quando i ragazzi sono alla fine delle scuole medie, e seguirà le loro vicissitudini sportive e sentimentali.