Kazuki Muto, studente liceale, usando il suo corpo come scudo cerca di salvare una ragazza dall'attacco di un Homunculus, essere metà animale e metà umano, ma viene trafitto al cuore. La ragazza Tokiko Tsumura, grazie a un Kakugane, arma alchemica, fa tornare in vita Kazuki il quale pensa sia tutto un sogno. Si rende conto che non è così quando incontra nuovamente un Homunculus, ma stavolta grazie all'alchimia che è in lui può combattere al fianco di Tokiko. Inizia così l'avventura che li porterà a scoprire l'esistenza di due organizzazioni in perenne lotta fra esse.