Okinawa, Giappone. Anno 2005. Saya Otonashi è una ragazza delle superiori, vive tranquillamente insieme alla sua famiglia, un'esistenza comune ma con una triste peculiarità: non ha memoria del suo passato se si esclude quella riguardo l'ultimo anno. Un giorno però, uno spaventoso evento finisce per ridurre in pezzi la sua felicità... Un nemico da distruggere, una missione da compiere: il vortice di un antico conflitto trascina inesorabilmente Saya indietro, verso il suo crudele destino. Un giovane e bel violoncellista fa la sua apparizione: il suo nome è Hagi. Nell'istante in cui porge a Saya una Katana, la Storia entra in un nuovo corso... Riuscirà Saya a ritrovare i suoi ricordi e così anche la propria identità?