Karuga Natsuki ha perso la madre e una gamba in un incidente. Torna, solo, in periferia dopo la tragica vita in città ma trova la sua casa erosa dal mare. Gli rimangono una nave e un sottomarino ereditato dalla nonna oceanologa. Nonchè i suoi debiti: una misteriosa usuraia di nome Catherine gli offre la possibilità di tenersi il denaro ma salpare con lei alla ricerca di ciò che resta del laboratorio della nonna, forse ancora viva. Non sarà però un'anziana donna ad aspettarli, bensì una giovane androide assopita in una bara sul fondo del mare. Quando la giovane, grata di essere stata salvata da Natsuki, vota di esaudire il suo desiderio, il piccolo paesello di periferia viene inghiottito dal mare: sta per iniziare un'estate incredibile per i due.