In un "Giappone feudale futuristico e post-apocalittico", dove chiunque otterrà la simbolica sciarpa "Numero uno" governerà il mondo come un "dio". Tuttavia, solo quello con la sciarpa "Numero Due" ha il diritto di sfidarlo. Afro Samurai, è l'attuale Numero Due, e viaggia per il mondo in cerca di vendetta, per l'attuale Numero Uno che ha ucciso suo padre.