3x3 occhi narra la storia di Pai, ultima discendente dei Sanzhiyan Hum Kara (l'antico popolo dei triclopi, detentore del segreto dell'eterna giovinezza ed immortalità) e del suo Wu, Yakumo Fuji un normale essere umano reso da lei immortale. I due sono alla ricerca del modo per diventare (lei) e far ritornare (lui) esseri umani. La storia si apre in Tibet, dove il morente Professor Fuji (il padre di Yakumo) promette a Pai che suo figlio Yakumo l'aiuterà a diventare un essere umano. Pai arrivata in Giappone riesce fortuitamente a trovare il ragazzo, ma per una serie di eventi quest'ultimo viene ucciso da Takuhi (un demone al sevizio di Pai ma di cui perde il controllo). A Pai resta un solo modo per impedire all'anima di Yakumo di raggiungere l'aldilà: assimilarla e fare di lui il proprio Wu (il suo guardiano immortale). Da quel momento in poi la vita dei due sarà legata a doppio filo, difatti con la morte di Pai morirebbe anche Yakumo e Pai è ricercata da tutti quei demoni che vogliono diventare immortali, riuscirà Yakumo con le sue sole forze a proteggerla? E soprattutto esiste ancora il modo per diventare umani?