La stagione 3 di Manifest è stata trasmessa su Netflix da jeudi 1 avril 2021 a jeudi 10 juin 2021. È composta da 13 episodi, il primo dei quali si chiama "Tailfin" e l'ultimo "Mayday (2)"..
Michaela e Ben hanno una visione che rivela che qualcuno è in pericolo. Caleb scompare davanti agli occhi di Ben.
Angelina accoltella Grace e rapisce il bambino. Sdraiata sul pavimento, Grace vede Cal al suo fianco. È tornato da adulto per gli ultimi momenti della madre.
Mentre il dottor Gupta lascia il dipartimento di Eureka, vede il pilota del volo 828, il capitano Daly, nella cabina di pilotaggio ricostruita dell'aereo. Grida aiuto e pochi secondi dopo l'aereo e il pilota scompaiono improvvisamente.
Arriviamo a due anni di distanza dagli eventi dell'ultimo episodio.