Mentre cercano di decidere dove trascorrere tre giorni delle loro vacanze estive, Doraemon suggerisce a Nobita, Shizuka, Suneo e Gian di fare un'avventura subacquea. Durante l'esplorazione del mare, finiscono per scoprire una civiltà che cerca di evitare il contatto con i popoli di superficie da diverse migliaia di anni.