Mulder evade dalla prigione con l'aiuto di Skinner, Reyes, Doggett, Scully e Alvin Kersh, dopo aver subito un processo sommario che lo aveva condannato a morte. Mulder e Scully si mettono in viaggio per il New Mexico, in un pueblo nascosto tra rocce di Magnetite. Dentro troveranno l'Uomo che fuma, che rivela anche a Scully la verità suprema e finale, e cioè che gli Alieni invaderanno la Terra il 22 dicembre 2012, senza che nessuno possa opporsi.
Due elicotteri distruggono il pueblo, uccidendo l'uomo che fuma, convinti che dentro ci siano anche Scully e Mulder. Invece questi sono fuggiti a Roswell, in un motel simile a quello dove andarono per il loro primo x-files assieme.
Le loro ultime parole sono un bilancio di quasi 10 anni di indagini sul paranormale, sul governo ombra e sulle forme di vita extraterrestri ed il complotto alieno. Mulder si sente sconfitto perché non è riuscito a far emergere quella tanto sospirata verità e non è riuscito a divulgarla a tutto il mondo. Però una piccola grande vittoria l'ha ottenuta, e cioè quella di aprire gli occhi di Scully, che è sempre stata scettica sulle questioni di cui ora conosce la più intima e sconvolgente verità.
Per questo allora l'ultima frase di Mulder prima del buio è "Si può ancora sperare...".