Un tecnico della Global Dynamics, Douglas Fargo, viene inviato dai reggenti al magazzino 13 per un aggiornamento al sistema informatico. Cercando di installare i nuovi componenti si attiva però un sistema di sicurezza segreto, ideato dall'ex ingegnere del magazzino Hugo Miller, che prende sotto controllo il magazzino. Mentre Pete e Myka vanno a recuperare l'ingegnere che ha ideato il sistema, ora ricoverato in una casa di cura, Artie scopre che Hugo ha trasferito una parte del suo cervello nei computer, utilizzando un artefatto. Dialogando con l'ologramma di Miller prodotto dal sistema di sicurezza, Artie riesce a interagire con esso, e a convincerlo a consegnarli la restante parte del cervello del reale Hugo Miller. Quando Pete e Myka ritornano al magazzino con Miller, Artie collega quest'ultimo al sistema, che mentre avvia il trasferimento del sistema neurale, diventa vulnerabile. Claudia e Artie riescono quindi a prendere il controllo del sistema e ad invertire il processo, restituendo così al reale Hugo Miller il suo cervello. Nel finale, Claudia, che aveva iniziato una relazione con Todd, si vede lasciata da quest'ultimo.