Dopo i fatti dell'ultimo episodio della prima stagione, Pete e Myka sono addolorati per quanto accaduto ad Artie, ma ben presto avranno una felice sorpresa: Artie è vivo, poiché si è salvato dall'esplosione mediante l'utilizzo dell'artefatto "fenice", che permette di salvarsi da morte certa uccidendo però un'altra vita. In questo caso a farne le spese è stato l'autista della signora Frederic, che stava tornando al magazzino e rimane così vittima di un incidente stradale, non riportando gravi ferite. Pur non credendo che Claudia sia complice di MacPherson, i tre si mettono anche sulle loro tracce. Mentre Artie va a Ginevra, dove Claudia sta cercando di raggiungere il fratello, Pete e Myka scoprono che MacPherson ha fatto scappare dal magazzino anche il celebre scrittore H. G. Wells e seguono una pista che li conduce a Londra. Qui, scopriranno che lo scrittore in realtà è una donna che sta aiutando MacPherson ad introdursi in un nascondiglio segreto del magazzino. Pete e Myka quindi, dopo essersi ricongiunti con Artie, che nel frattempo ha recuperato Claudia e si è completamente convinto della sua innocenza, ritornano al magazzino. Qui trovano MacPherson e Wells, quest'ultima, dopo aver recuperato alcuni oggetti personali, provoca la morte di MacPherson togliendoli il dispositivo che lo proteggeva all'interno del magazzino, per poi fuggire tramite un artefatto che la rende superveloce. MacPherson si ridurrà quindi in cenere proprio tra le braccia di Artie, e in punto di morte sembra mostrare segni di pentimento. Intanto la signora Frederic, uscita dall'ospedale, scopre che era stata Leena ad aiutare MacPherson, ma non l'aveva fatto per sua volontà, poiché era stata costretta tramite l'utilizzo di un artefatto denominato "perla".