Charlie e Reese incontrano i gemelli e cercano di farli ragionare, senza successo, al termine del meeting arriva anche Leona che fa una sua offerta per acquistare la compagnia. Will e Rebecca si stanno occupando del caso di Neal e delle possibili conseguenze legali, ma mentre Neal e Mac sono convinti che il reportage va fatto, Will e Rebecca assicurano che se andranno in onda con questa storia, Neal finirà in prigione per aver commesso atti di spionaggio e tradimento. Neal, stanco delle discussioni, conferma una porzione della storia con una telefonata, forzando la situazione e causando l'arrivo dell'FBI per una perquisizione dello studio. Mentre sta tornando da Boston, Maggie fa la conoscenza di un professore di etica che rimane impressionato dal suo comportamento nei confronti di un agente dell'Agenzia dell'Ambiente, che si era lasciato scappare delle dichiarazioni "incriminanti" durante una telefonata. Will avverte Neal di scappare e scomparire dalla circolazione e informa gli agenti federali di essere a conoscenza dell'identità della fonte segreta.