In un futuro lontano, Simon è un ragazzino timido che vive nel villaggio sotterraneo di Jiha e trascorre le sue ore, giorno e notte che sia, a scavare fosse. Un giorno ritrova sottoterra una piccola trivella luminescente e un mecha forgiato a forma di grande faccia. Si tratta del Lagann. Di tutto il villaggio l'unico a credere in lui è Kamina, un ragazzo più grande che si è sempre comportato nei suoi confronti come se ne fosse un fratello. Il loro destino inizia a muoversi e cambiare quando dalla superficie della Terra irrompe nel villaggio nascosto di Jiha un enorme mecha anch'esso formato da un solo, unico, imponente viso.