Carter e suo padre tentano di modificare l'arma che si trova su Dakara per far sì che distrugga soltanto i replicanti; nel frattempo la flotta di Anubis, capeggiata da Ba'al, arriva nei pressi di Dakara, e il comando Stargate viene assalito dai replicanti. Daniel Jackson, convinto di poter fermare la replica di Carter prima che questa riesca ad accedere ai suoi ricordi di quando era asceso, continua a resisterle. Su Dakara, Carter scopre però che per distruggere tutti i replicanti contemporaneamente è necessario attivare contemporaneamente tutti gli stargate, rendendo così necessario l'aiuto di Ba'al per fermarli.