Il comando Stargate viene messo in quarantena dopo che un ufficiale russo, da poco arrivato, è svenuto, mostrando dei sintomi simili a quelli di uno scienziato sulla Stazione Spaziale Internazionale. Il dottor Jackson ipotizza che il motivo della malattia sia l'essenza di Anubis, non distrutta dall'esplosione della sua nave e in grado di passare da persona a persona; per contrastarlo, la base viene divisa in tre settori tra loro non comunicanti.