Ted informa Cox e Jordan che secondo una postilla legale di un contratto siglato più di 2 anni prima, sono ancora legalmente sposati. Incredibilmente i due accolgono la notizia con grande gioia e sembrano poter continuare la loro vita assieme come una felice coppia di sposini. Purtroppo questa gioia viene interrotta immediatamente dalla consapevolezza che non potranno davvero stare assieme per il resto della loro vita, e così le noiose abitudini giornaliere ritornano a galla. Le cose vanno di male in peggio, fino a che Jordan non decide di trasferirsi dalla madre, portando il figlio Jack con sé. Molly fa notare a Cox che erano molto più felici prima che il loro matrimonio fosse ‘restaurato’ e che dovrebbero tornare alla situazione precedente. Proprio mentre Jordan sta partendo, Cox le chiede ufficialmente il divorzio, che lei accetta più che volentieri.
J.D. è molto irritato dal fatto di dover condividere la carica di capo-medico con Elliot. Lui e Turk, inoltre, hanno un momento di crisi dopo che una paziente muore mentre sta venendo operata da Turk. Questi, infatti, aveva chiesto a J.D. di modificare le assegnazioni per le operazioni, in modo tale che potesse operare lui quella paziente al posto del Todd, e ora che lei è morta J.D. si sente molto colpevole.
Molly e il dr. Cox lavorano assieme sul caso della signora Meyers, il quale aspetto è migliorato sensibilmente dopo un operazione chirurgica che le aveva ricostruito il viso dopo un incidente, ma che ora vuole sottoporsi ad una operazione che le ridoni l’aspetto non proprio attraente di un tempo. Cox è inizialmente contrario alla decisione, ma alla fine Molly lo convince che quella è, in effetti, la soluzione migliore.