Nonostante Turk faccia il chirurgo, non è riuscito a cucirsi la bocca dalla quale gli sfugge il particolare che JD ed Elliot sono stati "compagni di sesso" (musica trionfale). La notizia sorpende Sean, e ancor più sorprendente è la sua partenza per le Hawaii dove dovrà stare 6 mesi. La relazione con Elliot sembra quindi finire qui...o forse bisogna fare un tentativo di "relazione a distanza"? Tutto questo porta JD fra alti e bassi, nella speranza di tornare con Elliot e nella tristezza di vederla con un altro. Per Turk e Carla si prospettano due giorni di coccole, anche dentro l'ospedale, in seguito alla mancanza di un'infermiera in chirurgia. Ma questa vicinanza non sarà prolifica per Turk, che verrà deriso per alcuni segreti venuti a galla... La lotta fra i due dottori di testa dell'ospedale continua questa volta per l'assegnazione di un posto di primario: chi vincerà (contando anche sull'aiuto di Jordan)?....