La rottura tra Elliot e JD non è indolore: i due continuano ad incontrarsi per i corridoi dell’ospedale e questo li mette in imbarazzo… Turk, anche per cercare di riappacificare i due, chiede alla dottoressa di aiutarlo per una ricerca. Elliot prende molto sul serio il suo compito, fino a quando Tod (sì proprio lui) gli fa notare di essere solo la “secchiona” scelta dal chirurgo per fargli fare tutto il lavoro: “tutti noi di chirurgia ci siamo scelti un secchione di medicina che facesse i nostri progetti”.
Il Dr.Cox sembra impazzito: per aver rotto la punta di una matita si arrabbia e distrugge un laboratorio. Sembra che nessuno dia il giusto peso a questa vicenda… solo JD lo conosce per quello che è, al punto di accompagnarlo (non molto volontariamente) al bar per farsi una bevuta. Ma le apparenze ingannano…
Intanto Carla cerca di rispettare le ultime volontà di un suo paziente in coma. Per accontentarlo deve fargli ascoltare una volta al giorno una canzone di un gruppo punk: il Dr. Kelso glielo vieta e lei si alleerà con Ted per trovare un parente del malato che obbligasse il sacro cuore a rispettare le sue volontà. Ma non tutti sono buoni in questo mondo…