Dopo due settimane dall'inizio del tirocinio J.D. sta incominciando a prendere ritmo con il suo lavoro e a prendere qualche confidenza in più con i suoi colleghi, arrivando fino a ospitare Elliot a casa sua e di Turk. Subito quest'ultimo pensa che l' intenzione di J.D. sia quella di provarci con la bella dottoressa, ma lui smentisce subito, anche se con un po' di incertezza, la cosa.
Nel frattempo Elliot continua la sua inimicizia con l'infermiera Carla, denunciando al primario Kelso il fatto che si sia dimenticata di prendere le consegne di un paziente, e continuando quindi ad attirarsi contro l'astio di Carla.
J.D. prende in cura un paziente di 31 anni, Will Forte, affetto da polmonite multilobare, una situazione grave per una persona della sua età. La malattia è provocata dal vizio del fumo di Will, che in una giornata arriva a fumare due o tre pacchetti. L'esame è una tac ad alta risoluzione: i medici stanno cercando un cancro.
Poco dopo Turk fa notare il suo interessamento verso Carla, anche se non corrisposto. Elliot cerca di far finta che il litigio con Carla non avesse mai avuto luogo, ma le infermiere non sono d'accordo e trattano male la dottoressa che prova a difendersi con il dr. Kelso. Lui non è dello stesso avviso, e anzi le dice che ha apprezzato il suo fare la spia, ma le conseguenze del suo atto se le deve tenere lei senza coinvolgere persone esterne. Tuttavia poco dopo Elliot, consigliata da J.D., le chiede scusa, e le due per il momento si riappacificano.
Dopo, quando Elliot vede che Kelso la stava elogiando per una diagnosi, passa il merito a Carla, e se ne va completamente dalle grazie del primario.
J.D. ha fatto la tac a Will, e non ha trovato tracce di cancro. Chiede consiglio al dr. Cox sul da farsi: non sa sa rassicurare il suo paziente oppure se rimproverarlo e indurlo a smettere di fumare. Tuttavia Cox non lo consiglia, ma gli dice solo di fare ciò che ritiene sia giusto fare. E J.D. durante un discorso con Will lo convince a sm