Megan è ormai al limite. Mentre i genitori di Walter si trovano in ospedale per farle visita, la struttura viene infettata da una fatale epidemia. Walter si trova, così, separato dalla sorella. La squadra di controllo malattie infettive entra in azione, ma sottovaluta il problema, lasciando alla Scorpion l'arduo compito di risolvere la situazione. Sarà Sylvester, quasi per sbaglio, a trovare un superbatterio in grado di combattere l'infezione, permettendo a Walter di raggiungere Megan ed essere al suo prima che esali il suo ultimo respiro.