Happy continua a frequentare Chet, suscitano il malumore di Toby. La squadra ha un incontro con la direttrice Katherine Cooper, che farà da collegamento tra la Scorpion e la Homeland. C'è una nuova missione da portare a termine. Walter, Happy e Cabe vengono scelti per un lavoro sottocopertura da svolgere in un sottomarino classificato top secret. Purtroppo qualcosa non va secondo i piani e i nostri, insieme all'equipaggio, si ritroveranno sul fondo dell'oceano, con una limitata quantità di ossigeno disponibile e, apparentemente, nessuna via d'uscita.