Sono trascorsi più di cinquant'anni dall'ultimo avvistamento di Samurai Jack e il tempo non è stato clemente con lui. Aku ha distrutto tutti i portali del tempo e Jack ha smesso di invecchiare, come effetto secondario del viaggio nel tempo.
Sembra che la sua maledizione lo constringa soltanto a vagare in eterno per la landa desolata. Il suo passato lo bracca, al pari di una setta di assassini che vuole dedita alla sua morte, per la gloria di Aku.