Michael e Sara, accompagnati da Lincoln e Sucre, si sposano in riva al mare. Non passa molto tempo che proprio durante i festeggiamenti arriva la polizia che arresta Sara per l'omicidio di Christina. Dopo Lincoln a Fox River e Michael a Sona, anche Sara finisce dietro le sbarre. Qui incontra Gretchen, ripresasi dalla sparatoria che l'aveva messa in fin di vita e quindi in condizione di essere arrestata. A capo dell'ala femminile c'è una detenuta molto temuta che si fa chiamare Daddy ed è conosciuta per aver creato una "famiglia" all'interno del carcere. Nell'altra ala, quella maschile, il Generale e T-Bag risiedono fianco a fianco in modo del tutto pacifico; Il primo, dopo essere venuto a conoscenza dell'arresto di Sara, fa mettere una taglia sulla donna e T-Bag vorrebbe entrare nell'operazione. A difesa di Sara, Kellerman invia un avvocato di sua fiducia, ma le prove contro la donna sono inattaccabili. Sara viene riconosciuta da alcune guardie che, per vendicarsi degli agenti del Fox River, la picchiano. La direttrice del carcere, vista la fama di Michael, tiene Sara come osservata speciale e monitora ogni sua mossa. Michael, Lincoln e Sucre si mettono al lavoro per cercare di far evadere Sara ed invia i due compagni a perlustrare i confini del carcere. Ad aiutarli arriva anche Alex, dopo un colloquio all'FBI, con Richard Sullins e Felicia Lang. Nel frattempo, l'agente Wheatley viene nominato per seguire tutta la vicenda ed Alex è di nuovo messo in mezzo dovendo scegliere se aiutare Michael o tradirlo per riavere in cambio il suo vecchio lavoro. Dopo qualche perplessità Alex sembra scegliere la seconda opzione, informando di volta in volta l'agente Wheatley su tutte le mosse ed i piani di Michael. Sara, dopo essere scampata ad un tentativo di avvelenamento di Gretchen ed aver scoperto che non potrà tenere il bambino una volta partorito, decide di entrare nella famiglia di Daddy; Il costo per la protezione è una marchiatura a fuoco di un simbolo sulla spalla.