Mahone e Michael sono ancora al telefono. Mahone riferisce a Michael che per riavere suo fratello deve consegnargli il denaro e la sua barca. Il ragazzo cede, ma un ragazzino, Chaco, che lo aveva avvicinato per vendergli della droga potrebbe essergli utile per il piano che ha in mente. Intanto a Chicago la situazione di Sara sembra migliorare, grazie all'intervento dell'ex Agente Kellerman. Questi infatti ha deciso di raccontare in tribunale tutta la cospirazione riguardo al caso Steadman/Burrows ed alla Compagnia. In questo modo Sara viene prosciolta da ogni accusa, ma è Kellerman ora ad essere arrestato. La testimonianza di Kellerman ha permesso anche di far cadere tutte le accuse contro Lincoln. E la principale preoccupazione di Sara ora è di avvertire Michael, così da non dover continuare ad attuare il suo piano. Durante il trasferimento in un penitenziario, il furgone su cui si trova Kellerman viene bloccato da due uomini incappucciati che sparano all'interno del furgone. Intanto Sucre, nonostante la gravità della sua ferita, decide di lasciare l'ospedale per ritrovare Bellick e farsi dire dove si trova Maricruz. L'uomo incrocia l'ex agente proprio mentre viene trasferito dalla caserma di polizia; Questi supplica di farlo uscire per rivelare la posizione esatta della compagna ma Sucre crolla a terra in mezzo alla strada esanime prima di raggiungere il veicolo. Sara, non riuscendo contattare né Lincoln né Michael, decide di recarsi a Panama di persona. Michael nel frattempo contatta alcuni trafficanti di droga amici di Chaco. Mahone ha informato Kim di avere in custodia i fratelli ricercati e l'uomo si mette subito in viaggio per raggiungerlo; L'agente rivela a Michael e Lincoln il suo piano di uccidere Kim e far ricadere la colpa su di loro. Ma Kim non arriva solo da Mahone e questi non riesce a raggiungere il suo scopo. Nasce quindi una sparatoria che permette ai due fratelli di fuggire con i soldi che Michael aveva precedentemente nascosto. Finalmente s