Agli uffici dell'FBI arriva la notizia della cattura di Lincoln e suo figlio. Gli stessi agenti federali e Paul Kellerman tentano di mettersi in contatto con Mahone che però ha il telefono staccato. L'uomo nel frattempo è arrivato a Gila con l'intenzione di uccidere Michael. L'automobile della polizia con Lincoln e LJ viene speronata da un misterioso furgoncino nero. Poco dopo vi escono degli uomini che dicono di essere dalla loro parte e di lavorare per il padre. Sara ha preso una stanza nell'hotel indicatole da Michael negli origami. Le arriva un fax con il posto dove avverrà l'incontro. All'ora stabilita arriva Michael: la ragazza si mostra chiaramente fredda nei suoi confronti e gli dice che nel frattempo ha perso anche il padre. Michael si scusa per tutto quello che le è accaduto a causa sua e le dice che ha una soluzione: andare assieme a Panama. Alcuni istanti dopo arriva Mahone che, rintracciato il Sundown Hotel, è venuto a conoscenza del luogo dove i due si sarebbero incontrati. Dopo uno scontro tra le automobili, Michael e Sara si nascondono presso un magazzino. T-Bag continua ad essere torturato da Bellick e Geary ma l'uomo non dice alle due ex-guardie del Fox River dove ha nascosto i soldi di Westmoreland. Sucre contatta Theresa, la sorella di Maricruz, e la ragazza gli dice che entro un paio di ore le due partiranno per il Messico "sfruttando" il viaggio delle nozze poi saltate; Sucre implora la donna di farlo chiamare dalla sorella prima di partire. Mentre Sara riesce ad uscire dal magazzino e raggiungere l'automobile di Mahone, Michael tenta di non farsi catturare dall'agente federale. Poco dopo, accortosi della presenza di una conduttura di gas propano, la apre e rinchiude Mahone in una gabbia metallica. L'agente ha sì la pistola ma se gli sparerà moriranno entrambi. Michael raggiunge quindi Sara e i due si dirigono in un motel. La telefonata che Sucre attendeva da Maricruz arriva ma l'uomo non può rispondere perché in quel momento giunge al