Si tratta del secondo film della tetralogia cinematografica Rebuild of Evangelion basata sull'originale serie dell'anime Neon Genesis Evangelion. Nella base Nerv del Nevada, l'Unità provvisoria 05, guidata da Mari Illustrious Makinami, si scontra con il Terzo Angelo, lotta che termina con la vittoria di Mari, che fugge via mare. Shinji e Misato, appena ritornati dall'incontro del primo con il padre Gendo presso la tomba della madre Yui, assistono alla battaglia di Asuka contro il Settimo Angelo a bordo del suo Eva-02, appena giunto dall'Europa. Successivamente allo scontro dei tre piloti (Shinji, Asuka e Rei Ayanami) contro l'Ottavo Angelo, il Nono riesce ad insinuarsi nell'Unità Evangelion 03 e impossessarsi del pilota assegnato al collaudo, ossia Asuka.