Questo è il primo di quattro capitoli che compongono la tetralogia Rebuild of Evangelion, basata sulla serie televisiva anime Neon Genesis Evangelion. Il quattordicenne Shinji Ikari si dirige verso la città di Neo Tokyo-3 sotto richiesta del padre, Gendō Ikari, che non vede da tre anni e con cui da dieci vive separato. Mentre si aggira per una città vicina il giovane si ritrova tra il fuoco incrociato dell'esercito delle Nazioni Unite e il quarto di una serie di nemici del genere umano chiamati angeli, Sachiel. Soccorso da Misato Katsuragi, capitano dell'agenzia speciale Nerv, Shinji viene portato al quartier generale dell'agenzia; il padre, comandante supremo dell'organizzazione, gli ordina di pilotare un mecha umanoide gigante noto come Eva-01 contro Sachiel, poiché la sua prima pilota Rei Ayanami è gravemente ferita a seguito di un incidente. Durante il combattimento però l'umanoide, in un pericoloso stato di furia chiamato berserk, si attiva da sé e sconfigge Sachiel.