La squadra continua ad essere sotto assedio delle diverse agenzie. Nel frattempo Carl Brown viene fatto evadere di prigione. Nell ed Erik scoprono che Callen, Sam e Deeks sono stati fatti arrestare proprio da Hetty che al momento risulta scomparsa. Infatti è stata proprio lei l'architetto degli ultimi eventi: la donna ha fatto arrestare i suoi uomini per tenerli al sicuro e allo stesso tempo ha fatto evadere Brown per utilizzarlo come esca per Sabatino e Sharov, due agenti della CIA, vecchie conoscenze del NCIS e responsabili dell'attacco alla base di Los Angeles. Con un astuto piano Hetty riesce ad incastrare i due mentre la squadra la raggiunge. Sharov e Brown rimangono uccisi mentre Sabatino viene arrestato. La lunga caccia alla talpa sembra concludersi per il meglio quando Kensi viene rapita dal suo amico Sullivan (in realtà un altro agente della CIA, Ferris) che vuole vendicarsi sulla squadra in quanto sono responsabili del suo infortunio che lo ha portato a perdere una gamba. L'episodio si conclude con Ferris che si appresta ad applicare la legge del taglione (occhio per occhio) su Kensi e con un urlo agghiacciante della donna.