Ancora una volta la talpa ha compromesso gli agenti dell'NCIS facendo arrestare Callen, Sam, Deeks e Granger, da diverse agenzie proprio il giorno in cui il Sottosegretario Duggan ritorna per chiedere le dimissioni di Hetty. Un'irruzione dell'FBI alla casa galleggiante fa uscire Duggan che viene colpito da un cecchino, mentre Hetty e Kensi riescono a fuggire.