Callen, Sam, Deeks e Kensi arrivano in Siria e riescono rapidamente a catturare il terrorista, ma durante il rientro il loro aereo viene colpito e precipita. Kensi rimane gravemente ferita. Nel frattempo, a Los Angeles, il resto del team cerca di aiutare i ragazzi in Siria e alla fine Eric (sotto ordine di Granger) lancia un missile sui terroristi così da salvare gli agenti in Siria. Kensi viene operata ma cade in coma. Hetty per salvare tutta la sede si assume le colpe dell'accaduto (infatti il missile era partito da un drone, la cui autorizzazione era stata data con le credenziali del del Sottosegretario Duggan, senza il suo permesso). Hetty, sostiene di essere la talpa, facendosi arrestare da Duggan.