Il capitano Deakins viene messo sotto osservazione dagli Affari Interni: un'email spedita dal suo computer ha raccomandato un'inaspettata promozione per l'agente che ha confermato la versione di Logan nella morte del poliziotto sotto copertura. Nel frattempo Goren e Eames si occupano di una serie di incendi dolosi che ha colpito diverse chiese e ha causato la morte dell'assistente di un pastore.