Un volo di linea proveniente da Amburgo atterra a Boston con tutti i passeggeri uccisi da una strana epidemia, che fa pensare ad un attentato terroristico batteriologico. L' F.B.I. è la principale agenzia ad indagare, con l'agente Olivia Dunham. Durante un'ispezione in un magazzino viene individuato un sospetto che però riesce a fuggire ferendo gravemente, con lo stesso componente chimico che ha ucciso i passeggeri dell'aereo, l'agente Scott, collega e partner sentimentale di Olivia. L'unica persona che può aiutare a risolvere il caso e a salvare la vita di Scott è il dottor Walter Bishop, uno scienziato rinchiuso in un manicomio criminale, da cui può uscire solo sotto custodia di un familiare, il figlio Peter, che Olivia riesce a convincere a prendersi cura del padre e a collaborare nelle indagini. Così Bishop riapre il suo vecchio laboratorio e insieme a Olivia e Peter cerca di dare una spiegazione agli avvenimenti e a salvare la vita a Scott, ma ben presto si renderanno conto di essere entrati in un meccanismo più grande di loro: "Lo Schema", in cui è coinvolta probabilmente la ricca società biochimica Massive Dinamic, di proprietà dell'ex socio di Bishop, ma anche altri agenti federali, tra cui proprio Scott, a cui dopo esser riuscita a salvargli la vita proprio Olivia lo ucciderà in un inseguimento dopo aver capito che era coinvolto.
(fonte Wikipedia)