McNulty spedisce JT in una missione con l'incarico di verificare se una pattuglia di soldati americani, assegnata a svolgere alcune azioni sotto copertura, ha sconfinato fin dentro il territorio iraniano. Tuttavia, il Maggiore viene catturato e risulta disperso. Sonny e Algazi tentano di mettere insieme una squadra di soccorso, mentre McNulty cerca l'appoggio dei francesi per incontrare un professore che potrebbe aiutarlo nella trattativa con gli iraniani. Il Colonnello deve inoltre difendersi da una falsa accusa di molestie sessuali.