Echo viene programmata per aiutare Susan, una bambina che ha subito un forte trauma, e utilizza la favola della Bella Addormentata proprio per aiutarla. Questa stessa favola si rivelerà essere una metafora del futuro della stessa Echo. L'agente Ballard, infatti, deciso più che mai a salvare Caroline e sconfiggere la Dollhouse, lascia Mellie che, disperata, viene recuperata dall'agente di sicurezza del quale è sotto la custodia, e viene riportata alla Dollhouse. Quello che nessuno sa è che Paul la sta seguendo, fino a scoprire la sede fisica della Dollhouse. Dopo alcune indagini, scopre l'identità dell'uomo che ha progettato l'intero edificio, un certo Stephen Kepler, che attualmente vive in un piccolo appartamento che non lascia mai. Alla sede, nel frattempo, Boyd riceve un piccolo driver indirizzato a Dominic: Adelle pensa che sia dell'NSA ma, essendo protetto da password, solo Dominic può aprirlo. Dominic viene così ripreso dalla "soffitta", impiantato e risvegliato nel corpo di Victor: il messaggio recapitato non viene dall'NSA, ma da qualcun altro. Alpha. Nonostante non sia proprio entusiasta all'idea di collaborare, soprattutto mettersi contro quelli della Dollhouse, Kepler viene "convinto" da Ballard ad aiutarlo ad introdursi nella Dollhouse, per poter liberare Caroline. L'uomo infatti riesce a disattivare gli allarmi, ma proprio quando Paul raggiunge Echo, viene sorpreso da Boyd e i due cominciano una lotta, entrambi per proteggere la ragazza. Echo intanto ha delle immagini in flashback in cui ricorda sia Ballard sia Boyd e, fidandosi pienamente di Boyd, lo aiuta a fermare Paul e a portarlo nell'ufficio di Adelle. Ma non è finita: l'identità di Alpha viene finalmente rivelata, che altri non è che Kepler. Alpha raggiunge la dottoressa Saunders, che stava curando Victor, e sfigura prima il ragazzo e poi minaccia la donna perché richiami Echo. Echo, alla visione di Alpha, ricorda di averlo già visto in passato ma nient'altro: Alpha la porta quindi nell'ufficio di Topher e le impianta i vecchi ricordi, e quando si risveglia, ricordandosi perfettamente del loro passato insieme, i due fuggono.