Boruto e Sarada sono scappati da Konoha per andare a cercare Mitsuki nonostante il villaggio fosse in allerta. Cercando indizi su dove si trovi Mitsuki, i due si dirigono verso il laboratorio del suo cosiddetto "genitore", Orochimaru. Boruto riesce a sfuggire dalle guardie alla sprovvista e sgattaiolare attraverso l'ingresso nel laboratorio. Dopo aver visto cosa c'era dentro, insieme a quello che aveva sentito da Orochimaru, Boruto si rende conto che in realtà non sa nulla di Mitsuki. Intorno a questo periodo, il villaggio capisce che sono scomparsi Boruto e Sarada, quindi a Shikadai e al resto del Team 10 viene affidato il compito di rintracciarli.