Dopo essere stato attaccato da Eon, Ben 10.000 (il Ben del futuro) viene portato da Paradosso indietro nel tempo di vent'anni, nel periodo in cui si svolgono i fatti di Ultimate Alien. I due Ben dovranno collaborare per impedire a Eon di alterare permanentemente il delicato equilibrio che regola il normale scorrere del tempo.
Nota: Ben 10.000 mostra l'inedita abilità di trasformarsi in una versione "Ultra" di sé stesso, che gli permette di usare i poteri di tutti i suoi alieni senza dover cambiare aspetto. Nel corso dell'episodio userà i poteri di un nuovo alieno chiamato Clockwork che può controllare lo scorrere del tempo.