L'incubo del CTU diventa realtà: il terribile virus in possesso dei terroristi è in circolazione e si diffonde rapidamente nell'albergo. Jack e i suoi lottano contro il tempo. Nel tentativo di scoprire per chi sta lavorando, Jack e Chase seguono Amador, ma questi rimane ucciso nell'esplosione di una macchina. Palmer mente alla Polizia e dichiara che Sherry era con lui e non si trovava dai Milliken.