Janvier 2029. Une attaque terroriste est commise en banlieue de Newport City avec l'explosion d'un avion de ligne. Le principal suspect dans cette affaire est un criminel surnommé 'le Pyromane'. On lui attribue aussi la diffusion de 'Fire Starter', un impressionnant virus capable de manipuler les personnes dotées d'un cyber-cerveau, et dont le but est de faire basculer le monde entier dans la singularité. Le Major Motoko Kusanagi, à la tête de l'Unité 9, est chargée de mener l'enquête conjointement avec les services secrets américains. Arrivera-t-elle à stopper à temps le cyber-criminel ?