AD 2089 - 80 années se sont écoulées depuis la Seconde Guerre Space I changé la vie de deux races humaines et Zentraedi. Les deux courses sont en paix sur la terre quand une nouvelle race extraterrestre appelée "Marduk" apparaissent dans le système solaire. Tout en couvrant la première bataille entre le Spacy la flotte des Nations unies et Marduk, SNN recrue journaliste découvre Hibiki Kanzaki Ishtar, un "émulateur" qui améliore les capacités de combat de l'Marduk à travers le chant. Hibiki apporte Ishtar sur Terre pour lui enseigner les valeurs de la vie et de la culture. Ensemble, avec l'as Valkyrie pilote Silvie Gena, Hibiki et Ishtar doit trouver un moyen de sauver la Terre de la destruction totale de la part des Ingues leader Marduk.