あの日見た花の名前を僕達はまだ知らない。

Jintan, Menma, Yukiatsu, Anaru, Tsuruko, Poppo : six enfants qui passent leur temps ensemble dans la petite ville de Chichibu. Un tragique accident va coûter la vie à Menma et provoquer la séparation du groupe. Un été, sept ans plus tard, Jintan, devenu hikikomori, voit apparaître devant lui le fantôme de Menma qui lui demande de l'aider à réaliser un dernier souhait. Les anciens amis d'enfance qui commençaient à refaire leurs vies chacun de leur côté vont se retrouver pour le bien de leur ancienne camarade disparue.