Avril 2095. Un siècle s’est écoulé depuis que la magie est devenue une véritable technologie. Les deux frères et sœurs s'inscrivent dans une prestigieuse école pour magiciens appelée National Magic University Affiliated First High School, mieux connue sous le nom de « Magic High School ». Tatsuya, le frère aîné, est un « irrégulier » avec un défaut fatal dans ses pouvoirs magiques. La sœur cadette, Miyuki, est une étudiante vedette au talent magique inégalé. Bien qu'ils soient désormais suffisamment proches pour être considérés comme un couple, il y a quelques années à peine, les deux hommes entretenaient une relation dysfonctionnelle, dans laquelle ils n'étaient rien de plus qu'un maître et un serviteur. Mais un incident bouleverse à jamais leur relation. Il y a trois ans, à Okinawa, une expérience inoubliable bouleverse leur âme et leur destin.