Des années après avoir vaincu l'Empire des Reptiles, la Getter Team s'est attelée à la construction d'un nouveau robot, le Neo Getter Robo qui fonctionne à base de Plasma. Alors qu'ils sont à la recherche d'un pilote pour être le troisième membre de la Getter Team, une attaque surprise de l'Empire, que l'on croyait pourtant définitivement éradiqué, se produit. Toutefois, la personne capable de piloter le Getter One est enfin localisée. Il s'agit d'Ichimonji Gô, un catcheur underground. Confrontés à un ennemi extrêmement puissant, la seule solution pour nos héros pourrait résider dans un robot beaucoup plus puissant et fonctionnant à base de Rayons Getter, néfastes pour les Reptiles, Shin Getter Robo.