Trois ans après la fin de FFVII, de mystérieux soldats créés par le défunt président de la Shin-Ra et jusqu’alors piégés dans les profondeurs, les Deep Ground Soldiers, parviennent à se libérer. Il semblerait qu’ils soient à la recherche de Vincent Valentine, le seul qui connaisse l’emplacement d’Omega, une arme destructrice...