La historia de ×××HOLiC gira en torno a Kimihiro Watanuki, un joven estudiante que es constantemente perseguido por variedades de yōkai y espíritus. Una día, mientras intenta escapar de un yōkai, accidentalmente se topa con una extraña tienda a la cual es arrastrado hasta su interior sin darse cuenta. Ahí, la propietaria de la tienda, Yūko Ichihara, se presenta ante él y a su vez le explica brevemente los inusuales eventos que estaban ocurriendo. Tras haberle aclarado al joven que dicho lugar es una tienda de deseos y que él estaba destinado a llegar allí, este decide pedir como deseo que ya no pueda ver espíritus y como forma de pago se queda a trabajar para Yūko en los quehaceres de la tienda hasta que esto equivalga al precio de su deseo y pueda ser concedido.
Mientras trabaja para Yūko, los compañeros de clase de Watanuki, Himawari Kunogi, su amor platónico y Shizuka Dōmeki, con quien nunca se lleva bien, también pasarán a formar parte de sus aventuras e irán forjando una amistad cada vez más unida a pesar de las adversidades a las que se enfrentarán. A medida que avanza la historia, Watanuki se va acostumbrando y haciéndose más hábil en cuanto al mundo espiritual a través de los encuentros sobrenaturales que experimenta. Posteriormente, en la historia de Tsubasa: RESERVoir CHRoNiCLE, la cual es un crossover ficcional con ×××HOLiC, se revela que Yūko está al borde de la muerte, pues su tiempo de vida había sido detenido por un mago muy poderoso, Clow Reed, lo que la mantuvo con vida por varios siglos, pero la magia de Clow ya estaba comenzando a desvanecerse. Antes de que Yūko desaparezca, le dice a Watanuki que concederá su deseo y así podrá dejar de ver espíritus, pero en lugar de eso, Watanuki decide conservar sus poderes y quedarse en la tienda como su nuevo propietario y esperar el día en el que Yūko regrese. Así, la bruja utiliza lo último de su poder para mantener la existencia mágica de la tienda y muere. Al